Kannst von Schaffhausen bis Offenburg über die DB durchbuchen. Schnellste Verbindung geht zwar über Basel mit dem ICE, aber über Singen und dann den RE nach Offenburg ist kaum langsamer und kostet nur etwa die Hälfte.
Achtung: Im IRE zwischen Basel und Singen und im RE Richtung Offenburg im Abschnitt bis Donaueschingen brauchst du immer eine Fahrradkarte, auch zu Zeiten, in denen es in BaWü sonst kostenlos ist.
Deutsche Fahrradkarte geht klar, falls du in Schaffhausen am Automaten nur eine Schweizer Fahrradkarte kriegen solltest wird die auch anerkannt, kostet aber ca. einen Euro mehr. Ob das mittlerweile auch über die App geht, entzieht sich meiner Kenntnis.
Falls du lieber über Basel fährst, für den Fernverkehr kannst du es komplett über die App buchen.