Ja, Du übersiehst ein paar Punkte:
Durch das Angleset wird der Reach auch wieder kürzer. Da der beim Canyon durch den niedrigeren Stack ohnehin effektiv etwas kürzer ist, wird es im Endeffekt dann durchaus relevant kürzer.
Das Sitzrohr ist 3 cm länger. Wenn Du irgendwann eine lange Dropperstütze mit viel Verstellweg verbauen möchtest, kann es hier Probleme geben.
Und Du kannst auch nicht einfach automatisch sagen, der Steuersatz ändert den Lenkwinkel um 2°. Der Steuersatz hat einen bestimmten Offset, je nach Steuerrohrlänge ergeben sich hierdurch allerdings unterschiedliche Änderungen des Lenkwinkels. Habe jedoch nichts dazu gefunden, wie es sich real bei 100 mm Steuerrohr auswirkt.
Noch ein relevanter Unterschied: Das Merida hat ein tieferes Tretlager. Heißt als negative Seite weniger Bodenfreiheit, als positive tieferer Schwerpunkt mit stabilerem Fahrverhalten. Man sitzt mehr im Rad integriert. Den Punkt würde ich neutral werten, weil er je nach Fahrgewohnheiten und Vorlieben positiv oder negativ ist.
Und das Canyon hat nur 100mm Federweg, während das Merida mit 140mm kommt. Und das Merida hat dabei trotzdem noch den steileren Sitzwinkel. Wenn Du hier beim Canyon ne längere Gabel verbaust, wird auch der Sitzwinkel flacher.
Letztlich kann man sagen, dass das zwei grundverschiedene Räder sind und Du eher danach gehen solltest, welche Grundcharakteristik Dir besser passt, als danach, welches minimal höherwertige Anbauteile verbaut hat.
Hier ist das Merida eher ein Ballerbike zum Draufhalten, das bergab Sicherheit gibt und alle Schandtaten mitmacht, dafür bergauf wohl etwas träger geht und etwas weniger wendig ist. Das Canyon ist eher ein braver Tourer/CC-Bike, mit dem man leichter bergauf kommt und auf flachen Strecken agil rumflitzt, das aber bergab weniger Sicherheit gibt.
Liegt Dir die Konzeption vom Canyon mehr - umso besser. Passt Dir das Konzept vom Merida besser, solltest Du Dich nicht von ein bißchen mehr Bandbreite und einer minimal besseren (aber immer noch eher miesen) Gabel blenden lassen.