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Wenn du die Daten auf der Partition/Festplatte behalten möchtest und noch ein Rechtemanagement und Linux brauchst sieht das alles nicht sehr rosig aus für dich.
Linux kann ntfs lesen. Ich würde die nötigen Daten einfach auf diesem Weg auf eine Linux-Partition kopieren.
Fat 32 ist wirklich nur zu empfehlen, wenn Win und Linux darauf zugreifen müssen, denn unter Fat 32 sind Daten auf 4GB limitiert und - noch schlimmer - Linux kann seine Dateirechte nicht verwalten.