Das ist die Arbeitsweise dieser Funktion.
Generell ist es so, dass eine als GPX-Track exportierte Route keine Informationen mehr über die zugrunde liegende Planung hat (das ist genau genommen nicht
100% richtig, aber für die Erklärung und den aktuellen Stand der Software ist es eine gültige Annahme).
Ein GPX-Track ist nur eine Ansammlung von einzelnen Punkten, die auf der Karte als Linie dargestellt werden. Die Punkte sind erstmal alle gleichwertig.
Es gibt bestimmte Erweiterungen, die zusätzliche Informationen zu Punkten ablegen, z. B. ein Symbol welches angezeigt werden soll, oder einen Typ des Punkts. Das wird z. B. beim modernen, von dir erwähnten Locus-Format gemacht.
Beim Import eines GPX-Tracks mit automatischer Erstellung einer Route („Track als Route laden“) werden allerdings nur die reinen Punkte ohne erweiterte Informationen genutzt. Sprich, die evt. enthaltenen via-Informationen kommen beim Importer nicht zum Einsatz. Beim Import werden vielmehr neue Via-Punkt an „günstigen“ Stellen (meistens an Stellen, wo die Route eine Abbiegung hat, vgl. Ramer–Douglas–Peucker Algorithmus) gesetzt, die Anzahl ist über den Slider steuerbar und du siehst sie als Kreise auf der Karte.
Das führt dann genau zu dem, was du beobachtest.
Es ließe sich hier sicherlich einiges dran basteln, um z. B. die erweiterten Infos beim Import in gewissem Rahmen zu berücksichtigen. Allerdings wirst du mit Sicherheit nicht deine originale Planung wiederherstellen können, da beim Export Informationen verloren gehen.
Der in Bikerouter eingebaute Route Manager zum Speichern der Routen ist hier das geeignetere Tool, da die Routen damit ohne Informationsverlust jederzeit wiederhergestellt werden können, selbst bei Verwendung von angepassten Routingprofilen.