Hi 
@Zucchi , ich kenne den Effekt, den du beobachtest, auch von meiner MT5. Das habe ich auch mal vor einiger Zeit in einem Thread beschrieben. Ich gehe bei dir auf jeden Fall davon aus, dass du tatsächlich eine Überhitzung hast, und keine anderen Ursachen wie Luftblasen.
Meine Erklärungen:
Hinten ist die Kühlung schlechter als vorne. Die Luft wird hinten sehr viel schlechter zur Bremse gleitet als bei der vorderen Bremse, besonders bei niedrigen Geschwindigkeiten. Da sind Füße, Streben und alles mögliche davor, die einen guten Luftstrom verhindern. Denkbar wäre tatsächlich, dass die geringen Unterschiede zwischen deinen Bikes da was ausmachen können.
Irgendwo war mal eine Auflistung der Siedepunkte von verschiedenen Bremsflüssigkeiten. 
Magura Öl hat da, wenn ich mich richtig erinnere, mit Abstand den niedrigsten Siedepunkt. Ich wollte zwar schon auf Bionol umstellen, das Zeug gibt es aber zur Zeit nicht.
Die 
Bremsbeläge machen bei der MT5 sehr viel aus. Erst mal die Dicke. Ein dicker (=neuer) 
Bremsbelag isoliert besser, folglich wird die Bremse nicht so heiß. Hab ich deutlich beobachten können, dass die Überhitzung zu nimmt, wenn der Belag verschlissen war. Auch das Material (=Hersteller) reagiert da unterschiedlich. Die von 
Magura waren da recht brauchbar, auch Trickstuff war ähnlich. Ganz übel waren die Beläge von Galfer, da hatte ich sofort Überhitzungsprobleme, auch mit neuen Belägen. Der Effekt von abgefahrenen Scheiben ist nach meiner Beobachtung wesentlich schwächer als die Unterschiede durch die Beläge.
Bei dir könnte auch die unterschiedliche Anordnung und Form der Beläge zwischen MT4 und MT5 eine Rolle spielen. Nur dazu habe ich keine Erfahrungen (nur mit der MT5). Denkbar wäre, dass der einteilige Belag der MT4 die Wärme in der Bremse besser verteilt, während der zweiteilige der MT5 (den kleinen Steg zwischen den Belägen, den es bei der MT5 und bei Trickstuff gibt, lasse ich mal außer acht) die Wärme natürlich nicht verteilen kann, so dass ein Belagspaar (vermutlich der erste in Reibrichtung, verschleißt auch schneller) mehr Wärme produziert und weiter gibt als der zweite. Dann wäre die Überhitzung also nur hinter einem Belagspaar, während der andere normal arbeiten könnte. Bringt nur nichts, weil nur eine Ölkreislauf gibt. Es könnte auch sein, dass es einen Unterschied macht, ob es 4 einzelne Beläge sind (MT7, Galfer) oder 2 doppelte (MT5, Trickstuff), weil der Anpressdruck sich unterschiedlich verteilt.
Ich hatte auch (zusätzlich zur Überhitzungsproblematik) Probleme mit dem Druckpunkt der MT5. In der Anleitung von 
Magura steht zwar, dass das Öl alterungsbetändig ist, aber wenn Druckpunktprobleme auftreten, soll man doch bitte das Öl wechseln. Hab ich gemacht (mit neuem 
Magura Öl), und die Überhitzungsprobleme waren weg (genauso die Druckpunktwanderung). Ich vermute deshalb, dass das Öl sehr wohl altert und doch recht schnell ersetzt werden muss. Es wäre interessant, ob deine beiden 
Bremsen unterschiedlich lange in Betrieb sind  und wie lange das Öl schon drin ist.