Nein, das geht schon. Du schneidest die Taillierung raus und somit hat der Akku genug Platz. Da ich annehme, dass du eine Trinkflasche mit großem Deckeldurchmesser verwendest, kannst du den Deckel abschrauben und hast genug Platz, oben die Sicherung rein zu tun, so dass du da keine Probleme bekommst.
Zum Thema "Ausschäumen" hat schon mal jemand seine Erfahrungen gepostet. Vielleicht mal mit "ausschäumen" suchen. Scheint nicht so trivial zu sein, mit dem Schaum optimale Ergebnisse zu erzielen.
Ich würde, nachdem der Akku lose in der Flasche ist, rund um den Akku mit Schaumstoff ausstopfen, so bekommst du auch die Flasche druckfest hin, d.h. der ganze Flaschenkorpus ist danach richtig fest und kann nicht mehr so leicht eingedellt werden. Zum Ausstopfen einen stumpfen Gegenstand verwenden (Edding-Stift oder sowas), damit sich das Schaumstoffmaterial gut komprimiert und in alle Ecken kommt. 
Dann machst du die obere Hälfte wieder drauf und bandagierst die Schnittstelle mit Kunststoffstreifen oder anderem Material, welches Stabilität an der "Heilstelle" vermittelt. Dann weiter wie oben beschrieben ausstopfen und abschließend die Flasche richtig fest mit breitem Gewebeband bandagieren.
Das mit dem Schrumpfschlauch muss nicht sein, sieht aber optisch ordentlicher aus.
sollte mit dem Akku mal was sein, einfach den S-
Schlauch aufschneiden, die Klebebandbandage abwickeln und du kannst die Flasche wieder so auftrennen, dass du komplett den Akku rausholen kannst.
Wenn du im Deckel das Kabel durch die Trinktülle führst (evtl. etwas aufbohren), dann kannst du im Deckelbereich auch noch locker etwas Kabel verstecken und bei Bedarf mehr Kabel zur Verfügung haben. Mit Lautsprecherkabel geht das wunderbar...