In den letzten Jahren ist die Herstellung von Fluorpolymeren in die Kritik geraten, da die dabei benötigte 
Perfluoroctansäure (wie alle 
perfluorierten Tenside) als persistenter und 
bioakkumulativer organischer Stoff im Verdacht steht,
krebserregende und auch sonstige toxische Eigenschaften zu haben. Bei der Herstellung von Teflon entstehen langlebige perfluorierte Alkylsubstanzen, die in der Muttermilch nachgewiesen werden können. Wie sich diese Substanzen auf die Gesundheit auswirken, ist unklar
[20]. Tierversuche legen allerdings nahe, dass die tatsächlich in den Körpern der Bevölkerung in Deutschland vorhandene Konzentration gesundheitlich unbedenklich ist und auch, trotz der Akkumulation, wieder zurückgeht
[21].
Bei der Entsorgung (Verbrennung) von Perfluorpolymeren gelangen Fluorverbindungen in die Umwelt, typischerweise 
Flusssäure und Perfluorkohlenwasserstoffe wie 
Tetrafluorethen oder 
Trifluoressigsäure.
[22]
Bei zu starker Erhitzung von PTFE über 360 °C werden für den Menschen giftige Dämpfe freigesetzt. Das deutsche 
Bundesinstitut für Risikobewertung warnt deshalb davor, beschichtete Pfannen länger als drei Minuten leer zu erhitzen. Als Folge des Einatmens von geringen Mengen an PTFE-Dämpfen kann es zum Auftreten von 
Polymerfieber kommen, größere Mengen wirken tödlich. Vögel reagieren sensibler auf PTFE-Dämpfe: Sie können bereits bei der Erhitzung des Materials auf ca. 202 °C verenden, weshalb die Firma 
Tefal auf ihren Verpackungen davon abrät, Vögel in der Küche zu halten.
[15]
Im Jahr 2010 wurde ein Verfahren zur Rückgewinnung von Fluormonomeren aus PTFE veröffentlicht. Das von der Deutschen Bundesstiftung Umwelt geförderte Projekt hat die Universität Bayreuth gemeinsam mit dem Institut InVerTec e.V. und der Firma Dyneon GmbH entwickelt. Aktuell baut die Firma Dyneon eine Pilotanlage für das Recycling von 500 Jahrestonnen perfluorierter Polymere. Ziel ist es die hohe Umweltbelastung durch die bisher übliche Verbrennung zu vermeiden